A Navegação de cargas de percurso longitudinal é a executada por Empresa Brasileira de Navegação, em hidrovia interior de percurso intermunicipal, em regime de liberdade de preços. É de competência Executiva do Estado, através da SPH, autorizar empresas de navegação interessadas a operar, à título precário e por tempo indeterminado, como Empresa Brasileira de Navegação Interior, prestando serviços de transporte longitudinal de carga.