Ligações Rodoviárias
O porto de Pelotas pode ser acessado através da Br 293, que margeia a fronteira sul do estado do Rio Grande do Sul, passando pelas cidades de
Bagé e Santana do Livramento, permitindo através da conexão com a Br 290, atingir a ponte internacional de Uruguaiana, ligando à Argentina.
Através da conexão entre as Br 471 e 392, pode ser facilmente acessado a partir do Porto de Pelotas, o centro do estado do Rio Grande do Sul.
A Br 471, também permite acesso a cidade do Chuí na fronteira com o Uruguai, ligando o país vizinho.
Outro acesso ocorre através da Br 116, permitindo chegar a Jaguarão, na fronteira sul, e também ao centro do país passando por Porto Alegre,
Caxias do Sul e Lages em Santa Catarina.
Canal de Acesso Hidroviário
O canal São Gonçalo tem 12 Km de comprimento da hidrovia principal da Lagoa dos Patos até o Porto de Pelotas com 17 pés (5,20m) de calado e 58km
do porto de Pelotas até a Lagoa Mirim com 8,2 pés (2,50m) de calado.